2013年1月21日-22日

◎ 新型コロナウイルス コウモリの保有宿主 Emerg Infect Dis

◎ 新型コロナウイルス 地中海東部
PRO/AH/EDR> Novel coronavirus - Eastern Mediterranean: bat reservoir
Archive Number: 20130122.1508656
 情報源 The Huffington Post、2013年1月18日
New coronavirus-like virus found in bats
2012年に中東で初めて確認された新型コロナウイルスにきわめて近いウイルスは、欧州全域およびその他の広い範囲に存在する多種類のコウモリからの検体で確認されている事が、新たな研究で明らかになった。この結果、欧州、ロシア、アジアとアフリカの一部地域、および中東に広く分布するコウモリが、EMC 2012 [the virus has also been referred to as nCoV -- novel coronavirus] と命名された新型コロナウイルスと、非常に近い関係にあるウイルスを保有している可能性が示唆される。この報告は、2013年3月の科学雑誌 the journal Emerging Infectious Diseases に掲載予定である。
今回の結果は非常に興味深いものであるが、一方、どのようにして3カ国で1ダース以上の人々がこの新型ウイルスに感染し発症したのか、あるいは他にも感染者がいるが症状が軽いため見逃されてきたのかどうかの解明にはつながらない。
研究者らによると、アラビア半島 the Arabian Peninsula において、コウモリが同様のウイルスを保有しているか調査する必要があるという。しかし責任執筆者は、これらのコウモリの生息範囲は広い地域に広がっており、中東において、これらの(きわめて近い関係にある) コウモリのウイルスから新型コロナウイルスに進化したと結論づけることはできないとしている。コウモリが生息する別の地域で発生した可能性もある、とコロナウイルスの専門家である the Institute of Virology at the University of Bonn Medical Centre in Germany の所長は述べている。新型ウイルスはコウモリに由来すると考えられてはいるが、コウモリから --たとえば排泄物に暴露することで-- 直接ヒトに感染したのか、それとも家畜などの動物が感染し、ヒトにウイルスを伝播したのか、は分かっていない。親戚関係にある The SARS coronavirus, a cousin of EMC 2012 はコウモリのウイルスの1種から新興したが、(このウイルスは) 中国で珍味として食される野生動物の civet cats and raccoon dogs に感染した可能性がある。このウイルスとタヌキ raccoon dog との関係は明らかではないが、何らかの関係がある可能性が考えられる、と述べられている。
この研究者らは以前ガーナと欧州の4カ国 --オランダ、ルーマニア、ドイツ、ウクライナ-- において行ったコウモリの調査で、5000頭近いコウモリの便検体を採取し保管していた。 EMC 2012 の新興以来、これらの検体を用いてコロナウイルス coronaviruses を探したところ、nearly 25 per cent of _Nycteris_ bats, and 15 per cent of _Pipistrellus_ bats のコウモリで、新型コロナウイルスに関係する未知のウイルスを発見した。後者のコウモリで、 EMC 2012 に最も近いウイルスが見つかった。
1例では、遺伝子コード the genetic codes の違いが、2% 未満しかなかった。同じコロナウイルス the similar coronaviruses の検査で、4種類中3種類の _Pipistrellus_ bat species が陽性となった。
"旧世界地域全体 The whole Old World region が、様々な種類の different _Pipistrellus_ species で埋め尽くされている。これらすべての種が、関連ウイルスを保有していてもおかしくない."、と述べている。もし、これらのコウモリが、新型コロナウイルス類似のウイルスを普遍的に保有しているとすれば、なぜサウジアラビアとカタールとヨルダンだけで感染が見つかっているのだろう?また、なぜ今発生したのか? 9例の確定診断例と同数の可能性例の患者らは、火事から火の粉が飛び散るように、幾度もコウモリからヒトにウイルスが伝播されたことを示しているのだろうか。それとも、かつてウイルスが種を飛び越えて伝播し、ヒトからヒトへと感染が拡大しているが、その多くが目に見える形では起きてないのだろうか?
現時点で、この質問への答えは出ていない。しかし、保有するコウモリから複数回にわたりウイルスの感染伝播が起きていたかについては、解明する複数の手がかりが存在する。ウイルスが分離されたりウイルスの断片が入手できたりした、ヒトに感染したすべてのウイルスの遺伝子塩基配列を解析 Generating genetic sequences することで、情報の比較が可能となる。
どのウイルスも、ある一定の割合でウイルスが進化し、その進化のスピードは分子時計 its molecular clock と呼ばれている。初めて確認された症例と、その後の症例の遺伝子塩基配列を比較することで、ヒトのウイルス the human viruses が他 (のヒトのウイルス) から進化した evolved from one another のかどうかを知る手がかりとなる。一番はじめに発見された患者 The 1st spotted case は、2012年6月に死亡したジェッダ Jeddah, Saudi Arabia の男性であったが、2012年11月にカイロの米海軍研究機関 Cairo-based US naval research laboratory において、2012年4月にヨルダンで死亡した2名の患者が、この新型ウイルスに感染していたことが確定診断されている ...
原著タイトル Human betacoronavirus 2c EMC/2012-related viruses in bats, Ghana and Europe. Emerg Infect Dis [Internet]. 2013 Mar [accessed 21 Jan 2013]
要約 
"4758 bats from Ghana and 272 bats from 4 European countries の排泄物サンプルを用い、 betacoronaviruses についてのスクリーニング検査を行った。the novel human betacoronavirus EMC/2012 に関係する複数のウイルスが、46 (24.9 percent) of 185 _Nycteris_ bats and 40 (14.7 percent) of 272 _Pipistrellus_ bats で確認できた。遺伝学的近縁性 Their genetic relatedness を考慮すれば、EMC/2012 がコウモリ由来であることが示唆された"
[Mod.MPP-著者は "Within the Arabian Peninsula, the International Union for Conservation of Nature lists 50 bat species, including _P. arabicus_, _P. ariel_, _P. kuhlii_, _P. pipistrellus_, _P. rueppellii_, and _P. savii_ bats."としている。
2012年のサウジアラビア、ヨルダン、カタールにおける重症急性呼吸器感染症に関与する the nCoV と関係のある betacoronaviruses が、ガーナと欧州において、地中海東部地域に生息する種類も含む複数種のコウモリで同定されたことは当然 not surprising のことであり、the human infections がコウモリから種を飛び越えてヒトに感染した結果とされている仮説をさらに支持することとなった。 
記事にあるように、今もって解明されていないこととして、感染したコウモリの排泄物への暴露による、直接のヒトへの感染 this species' jump だったのか、それとも家畜などの中間宿主 an intermediate host が現在または過去に存在し、コウモリの分泌物から感染した後に、(中間宿主の) 感染動物との接触によりヒトへの感染伝播が発生したのか、がある。この地域の動物に関する調査の結果判明が待ち遠しい]
[Mod.CP-a reservoir for emerging viruses としてのコウモリの役割についての関連資料: Bats: important reservoir hosts of emerging viruses. Clin Microbiol Rev. 2006 Jul; 19(3): 531-45 (full article, references available at source URL) 
 ... 2002年、ヒトの新型の重症急性呼吸器症候群の原因が、これまで知られていなかったコロナウイルス a previously unrecognized coronavirus (family _Coronaviridae_) であることが判明した。SARS-CoV と命名されたこのウイルスは、齧歯類、ウシ、イヌ、ブタ、ヒトに感染する the group 2 coronaviruses の中で、遠い関係にあるウイルス a distant relative of であり、現在 group 2b に分類されている。中国南部のコウモリで最近同定された、他の2種類のコロナウイルスとは識別可能 distinct である。疫学的調査により、SARS のごく初期の患者 the earliest cases は、野生動物の肉を扱う業種に関係していた。深セン Shenzhen market で扱う野生動物の調査では、ハクビシン masked palm civets (_Paguma larvata_) とタヌキ raccoon dogs (_Nyctereutes procyonoides_) から SARS-CoV-like viruses が分離され、アナグマ a hog badger (_Arctonyx collaris_) の the SARS-CoV-like virus 抗体が確認された。
興味深いことだが、野生動物肉の市場の動物の間での集団感染の疫学は、輸送熱 shipping fever によく似ていた。この疾患は、異なる農場から集められた動物が、同じところに詰め込まれて、混み合ってストレスの多い条件で輸送されるときに発生するウイルス症候群である。このような条件では、持続的なウイルス感染症に対する免疫力が低下し、ウイルス排泄は増加し、感受性のある動物は感染して、さらにウイルスを排泄する。
SARS-CoVs が確認された市場では、血清学的検査で陰性であった動物からも、reverse transcription-PCR 検査によりウイルス遺伝子 viral RNA が検出され、急性感染であることが示唆されたのと同時に、他の動物では SARS-CoV 抗体が確認されたにもかかわらず、ウイルスの排泄が続いていたことから、持続感染 persistent infections も示唆されている。この市場の動物については SARS-CoV の病原性は認められなかったが、ヒトから分離された SARS-CoV を接種されたハクビシンでは、肺に対する重篤な病原性 severe lung pathology を示した。SARS に感染した患者と野生および飼育されていたハクビシンなどの動物から得られた多数のウイルス遺伝子を解析し系統樹を作成したところ、the 1st human SARS coronaviruses は、同時期にハクビシンから検出されたウイルス a contemporary virus from masked palm civets と非常に近い関係にあり、この後にヒトからヒトにウイルスが感染伝播する中で、突然変異 point mutations の選択と蓄積が起きていったことが示唆されている。
自然界の保有宿主 the natural reservoir of SARS-CoV を同定するため、reverse transcription-PCR 検査による、家畜動物、家禽、野生動物の広範囲調査が行われた。ハクビシンは、一次宿主 the principal host for SARS-CoV ではなく、偶然の感染保有 an incidental host であったことが判明した。
最近、同時に複数のグループにより、中国南部に生息するコウモリが SARS-CoV-like viruses に感染 being infected with 、もしくはこれらの新たに確認されたコロナウイルスの抗体を持つことが確認され、その中には members of several species of Chinese horseshoe bats (suborder _Microchiroptera_, family _Rhinolophidae_, genus _Rhinolophus_) も含まれていた (Tables 1 and 2)。Chinese horseshoe bats の一部 some species of の、抗体保有率 The prevalence of antibody to bat SARS-CoV が84%に達していた。コウモリの SARS-CoV infection による病原性は、これまで確認されたことがない。 
the 2002-to-2003 outbreak of SARS の期間中に、ハクビシンおよびヒトから分離されたウイルス遺伝子 The genomes of SARS-CoV isolates は、発生系統学的に幅広いコウモリの SARS-CoV のグループの中に位置する。このことは、the 2002-to-2003 outbreak の原因ウイルスが、このコウモリに関係するグループの中から発生した可能性が最も高いことを意味する。 
SARS-CoV-like viruses of bats に対する抗体が、洞窟に生息するオオコウモリ megachiropteran の1種の、Leschenault's rousette (_Rousettus leschenaultia_) でも確認されていることは、fruit bats も infection with SARS-CoV-like viruses に何らかの役割を果たしている可能性も考えられる。したがって the natural history of SARS-CoV は、これまで知られていなかったコウモリのウイルス SARS-CoV-like virus of bats が、食肉市場でハクビシン、タヌキ、アナグマなどの増幅宿主 amplifying hosts に感染伝播し、その後、これらの中間動物またはその肉に接触したヒトに、逸脱したウイルスが感染したことが関係すると考えられる。引き続いて起きた、ウイルスのヒトからヒトへの感染伝播は、ウイルス遺伝子の変異による馴化 adaptive mutations が関係したと言える]
[Mod.AS-成書 Shalmon's field guide to the land mammals of Israel によると、イスラエルでは the following 5 _Pipistrellus_ bats が確認されている: _P. ariel_, _P. kuhlii_, _P. pipistrellus_, _P. rueppellii_ and _P. savii_。ヨルダンにおいて記録があるのは、the following 6 _Pipistrellus_ bats : _P. ariel_, _P. kuhlii_, _P. nathusii_, _P. pipistrellus_, _P. pygmaeus_, and _P. rueppellii_ とされている]

● 病原大腸菌 ECHC カナダ  O157
PRO/AH/EDR> E. coli EHEC - Canada (05): (NS, NB, ON) O157, lettuce
Archive Number: 20130122.1509581
 情報源 CBC (Canadian Broadcasting Corporation) News、2013年1月18日
死亡する可能性のある大腸菌による新たな感染例1例が、New Brunswick で確認され、the Maritimes and Ontario での感染者数が合計 30人となった。検査により、すべての病原大腸菌 _E. coli_ O157 感染患者が、FreshPoint Inc が出荷した細切りレタス shredded lettuce に関係する、またはその可能性が高いことが示されている ...
関連項目 (04): (NS, NB, ON) O157, lettuce 20130113.1494795

● ポリオ エジプト パキスタンから、ニジェール 
PRO/EDR> Poliomyelitis - worldwide (01): Egypt ex Pakistan, Niger
Archive Number: 20130122.1509210
[1] エジプト Egypt ex Pakistan
 情報源 Medical Xpress、2013年1月21日
パキスタン政府当局 Pakistani health officials は21日、パキスタン南部の the Pakistani city of Sukkur に関係する [ポリオ] ウイルスがエジプトで確認されたことを受け、国外に出発する乳児への空港でのポリオワクチン接種を呼びかけている。カイロ Cairo の2件の排水の検体の解析結果から、最近確認されたウイルス株に類似するウイルスが検出されたことが、the World Health Organization (WHO) and UNICEF により明らかにされた ... エジプトは2004年以降、ポリオの発生がない polio-free が、検体が採取された地域の、すべての5歳未満の小児に対する緊急ワクチン接種を指示した。パキスタンでは近年、急激にポリオ感染患者数が増加しており、2011年には198人が感染し、10年間で最多となり、世界で最も多い数字だった ...
[2] 世界各国 Global Polio Eradication Initiative update as of 12 Dec 2012
 情報源 Global Polio Eradication Initiative 、2013年1月16日
ニジェール Niger - In the 1st outbreak of polio in 2012 outside of an endemic country or a country with re-established poliovirus, Niger has reported a case of wild poliovirus. This is the 1st case in the country since December 2011 and is related to virus originating in Nigeria.ほか。
関連情報 厚生労働省検疫所 FORTH (世界ポリオ撲滅イニシアティブ、2012年12月18日) 

● 炭疽 ナミビア
PRO/AH/EDR> Anthrax - Namibia: (OT Oshikoto) human, bovine
Archive Number: 20130121.1508350
 情報源 UN Office for the Coordination of Humanitarian Affairs (OCHA), ReliefWeb 、2013年1月21日
Anthrax outbreak strikes Oshikoto

保健当局 The Oshikoto Regional Health Directorate は、多数の市民が炭疽汚染牛肉 anthrax-infected beef に暴露した疑いへの対応に追われている。これまでに2人が死亡し、3000人に感染の恐れがあるとされている。当局は、炭疽感染により死亡したと見られるウシの肉を食べた可能性がある人々の調査を指示した。18日までに the Onandjokwe Lutheran Hospital 病院には、病院近郊の感染流行が発生した村 Omadhiya などの the Oniipa Constituency の各地域からの患者が押し寄せている

● シュマーレンベルグウイルス ベルギー、ポーランド
PRO/AH/EDR> Schmallenberg virus - Europe (06): (Belgium, Poland) vector, semen
Archive Number: 20130121.1508180
[1] ベルギー Belgium: epidemiology 2012
 情報源 Transboundary and Emerging Diseases journal [abstract; subscription required for the full paper]、2013年1月20日
原著タイトル Large-scale cross-sectional serological survey of Schmallenberg virus in Belgian cattle at the end of the first vector season. Transbound Emerg Dis. 2013 Feb; 60(1): 4-8. doi: 10.1111/tbed.12042
要約
シュマーレンベルグウイルスの初期発生 the 1st period of infection of the emerging Schmallenberg virus [SBV] 以降、ベルギー国内のウシに対し行った横断的調査では、2012年1月から3月にかけて、422の群れの合計11635頭のウシに an ELISA kit による抗体検査 the presence of SBV-specific antibodies が実施された。群の陽性率は99.76 percent (95 percent CI: 98.34-99.97) で、群内 within-herd seroprevalence では 86.3 percent (95 percent CI: 84.75-87.71) だった ...
[2] ポーランド Poland: bull semen suspected, vector
 情報源 Transboundary and Emerging Diseases journal [abstract; subscription required for the full paper]、2013年1月18日
原著タイトル First report of Schmallenberg virus infection in cattle and midges in Poland. Transbound Emerg Dis. 2013 Jan; doi: 10.1111/tbed.12057
要約
West Pomerania and Silesia provinces in Poland へのフランスからの2頭のウシの輸入に一致して起きた、2件のシュマーレンベルグウイルス感染流行 Two outbreaks of Schmallenberg virus (SBV) infection についての詳細な報告。定期検査で、この輸入ウシのウイルス検査陽性 SBV real-time RT-PCR-positive result がはじめて得られ、その後もう1頭と群れ全体の追跡調査が行われた ... SBV RNA は感染発生地から5kmの地点で採取された蚊族 _Culicoides obsoletus_ pools でも確認されている ... これに先立つ、周辺地域および隣接するドイツ国内地域での、約900検体での定期検査では、いずれも陰性結果 negative results for the presence of SBV or specific antibodies が得られていた

● 鳥インフルエンザ インドネシア H5N1 2.3.2 clade
PRO/AH/EDR> Avian influenza (05): Indonesia, duck, H5N1 2.3.2 clade
Archive Number: 20130121.1507896
 情報源 Jakarta Globe, UN Integrated Regional Information Networks (IRIN) News report 、2013年1月23日
保健当局 Indonesian health officials は、2012年9月以降、約16万羽の飼育ダックを死亡させた、新たな鳥インフルエンザ感染流行 a fresh outbreak of avian influenza に対する懸念を鎮めようとしている downplayed 。"新たなクレードのウイルス the new clade (virus group) of the H5N1 virus による、インドネシア人の死亡は発生していない" と保健省当局者 the director of disease control and public health at the Health Ministry は説明している。ダックだけに感染が流行しており、ヒトでの感染は確認されていないとし、感染流行に対する必要な対策をすでに実施されている、と鳥インフルエンザ対策の当局者も述べている。12種類を超えるサブセット subsets of the H5N1 virus が確認されており -- 各クレードには無数の変異株 numerous variants within each clade が存在する。インドネシアでは新規のウイルスである clade 2.3.2 H5N1 は、アジアでは数年前から感染循環が知られていたという。2012年9月にインドネシアの人口の多いジャワ島 Java Island で、飼育されていた多数のダックが死亡するようになり、感染は 80 villages in 12 of Indonesia's 34 provinces に拡がった。感染したダックには、斜頸 torticollis、麻痺 paralysis、けいれん seizures、運動失調 incoordination、さらには突然死 sudden death といった臨床症状が認められた。インドネシアでは、飼育されている家禽の大部分はニワトリであり、ごく少数でダックが飼育されているに過ぎない。感染源は、無許可で輸入されたダックであることは間違いない、と感染症担当者 the National Commission on Zoonosis は述べている。しかし幸いにも2月には家禽用ワクチンの生産が開始されることになっており、現在は旧式ワクチンを使用しているが、これにも効果が認められている、と述べた。政府当局は、さらに250万回分のワクチン the H5N1 clade 2.3.2 vaccine を必要としており、被害のあった農家への補償も行うとしている。多くの国々で the presence of clade 2.3 が報告されており、これまでに8人の同ウイルス感染患者が 3 in Bangladesh and 5 in China として報告されている 
参考項目 20111024.3168

● 告示 第13回国際デング熱コース キューバ
PRO/ALL> Announcements (01): 13th International Dengue Course: IPK, Cuba
Archive Number: 20130121.1508439
 投稿者 'Pedro Kouri' Tropical Medicine Institute (IPK)、2013年1月18日。
the 13th edition of the dengue international course at the "Pedro Kouri" Tropical Medicine Institute of Havana, from 12-23 Aug 2013.