2020年1月25日

新型コロナウイルス 保有動物、Lancet NEJM

● 新型コロナウイルス 保有動物、Lancet NEJM(2件)
保有動物
PRO/AH/EDR> Novel coronavirus (18): China (HU) animal reservoir
Archive Number: 20200125.6915411
[1] Research: コウモリ bats considered as primary reservoir of 2019-nCoV
 情報源 bioRxiv preprint 2020年1月23日
原著タイトル Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in 2 humans and its potential bat origin. bioRxiv [23 Jan 2020].
要約 
the SARS outbreak 発生後の 18年間に,多数の重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス a large number of severe acute respiratory syndrome-related coronaviruses (SARSr-CoV) が,自然界の動物宿主であるコウモリで確認されている。これまでの研究報告で,これらのコウモリの SARS 関連コロナウイルス bat SARSr-CoVs の一部が,ヒトに感染する可能性があることが示されていた。今回,武漢市のヒトでの急性呼吸器症候群流行の原因となった新型コロナウイルス (2019-nCoV) の,同定と分析 the identification and characterization について報告する ... アウトブレイク初期の 5人の患者から (のウイルスの),遺伝子全塩基配列 Full-length genome sequences を同定した。これらのウイルスは互いにほとんど同じ almost identical to each other もので,79.5% sequence が SARS-CoV と共通だった。さらに,遺伝子全体レベル the whole genome level において 2019-nCoV は,あるコウモリ・コロナウイルス a bat coronavirus と 96% identical (相同性を有していた) 。7つの保存非構造蛋白の解析 The pairwise protein sequence analysis of 7 conserved non-structural proteins から,このウイルスは the species of SARSr-CoV に属することが示された。The 2019-nCoV virus はその後,危篤状態の患者の気管肺胞洗浄液からも分離され,複数の患者からの血清により中和された。重要なこととして this novel CoV は,SARS-CoV と同じ細胞侵入レセプター the same cell entry receptor, ACE2 を利用していた。
[2] 2019-nCoV genome, origins and mutations discussed
 情報源 STAT News 2020年1月24日
初期の患者からの,初めてのウイルス検体の遺伝子解析 the sequencing of the 1st 2019-nCoV sample のあと,さらに nearly 2 dozen more の解析が行われた ...
The genome of the Wuhan virus は 29 903 bases long 塩基の長さを持ち,研究者らが SARS に非常に近似するウイルスとみる理由の 1つとなっている。the 2 dozen genomes の比較は,流行がいつ開始したかを探る手がかりとなる。武漢のほか,タイと深セン Shenzhen で得られたこの 24 available samples から,"very limited genetic variation (非常に限定された遺伝子の幅)" であることが示された。これらのウイルスはすべて,比較的最近の共通する祖先を持っていることを示している,と説明されている。ウイルス遺伝子の変異のペースに関する既知の情報から,仮に 2019年12月8日に初発患者が報告された時期よりかなり前から,ヒトの間で nCoV の感染の循環が起きていたならば,これら 24 個の遺伝子はかなり異なるものになったであろうと考えられる。およそのウイルス進化率 ballpark rates of viral evolution を用いて,すべてのウイルス (24個の 2019-nCoV) の祖先である the Adam (or Eve) virus が登場したのは,30 Oct 2019 より後で 29 Nov 2019 より前と推定されている。祖先であるウイルス自体 The progenitor virus itself はほぼ間違いなく,(SARS がそうであったように) 症状を起こすことなくコウモリの間で感染循環し circulates harmlessly ,ヒトとの接触のあった 1種類ないし数種類の動物が中間宿主 an "intermediate reservoir" がいたと考えられる。おそらくは武漢の市場にいた動物で ... いつから分からないが,The ancestor of 2019-nCoV は,たまたま単一のウイルスが変異し種を飛び越えてヒトに感染を起こすまで,ヒトに感染することなくこの種に存在してきたのだろう。遺伝子の解析から,たった 1度の種を超えた感染 a one-time-only jump だったことが示されている ... 残念ではあるが,genetic analysis では,どの動物からヒトへの感染が起きたかは解明されていない。the preprint server bioRxiv に投稿された the Wuhan Institute of Virology のチームの解析で, the genome of this coronavirus (the 7th known to infect humans) is 96% identical to that of a bat coronavirus であると示され,同種由来 the original source と考えられている。(Writing in the New England Journal of Medicine on Friday [24 Jan 2020], another team of scientists in China reported that the new coronavirus is 86.9% identical to the bat SARS-like coronavirus.) [reference below].
[NEJM citation: A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med [Epub 24 Jan 2020] ]
[3] EcoHealth Alliance's president interviewed
 情報源 The Scientist 2020年1月24日
... 2019-nCoV が,SARS コロナウイルスを含む other coronaviruses とどのように似ているか,また今後どう対応していけばよいのかについて ...
SARS coronavirus について言えば,the cell surface receptor は ACE2, angiotensin converting enzyme 2 と言われている。われわれもコウモリと同じく (同レセプター) を持っており,[SARS virus は] コウモリでもヒトでも同じレセプターを利用して感染する。今届いたばかりの the Wuhan [Institute of Virology] group からの論文によれば,the new virus も same surface receptor を利用している。自然界のコロナウイルスは多様性に富んでいる a very big diversity of these [corona]viruses in the wild ... over 50 SARS-related coronaviruses in bats を発見している ... 治療法のないコロナウイルス感染の一部について,抗体検査を開発し,中国南西部・雲南省 communities in Yunnan Province の,ウイルスが確認されたコウモリのコロニー周辺の住民らの検査を行ったところ,a 3% prevalence of exposure to bat viruses であることが判明した。このことから,この地域全体で常に,コウモリのコロナウイルスが,軽症例や無症候性のほか,適切に診断されていない呼吸器疾患を起こしながら,人々の間に侵入していたことが示唆される。すなわち,今回のアウトブレイクは,中国南部で起きていた a number of spillover events の 1つに過ぎないのかもしれない ... 長文です。

Lancet NEJM
PRO/AH/EDR> Novel coronavirus (17): China (HU), France, USA ex China, Viet Nam p2p trans.
Archive Number: 20200125.6914553
[1] 中国 Update on pneumonia of new coronavirus infection as of 24:00 on 24 Jan 2020
 情報源 Chinese National Health Committee [in Chinese] 2020年1月25日
24日午前 4時に,29 provinces (autonomous regions and municipalities) から新たに 444 new confirmed cases and 16 new deaths が通報された ... 発生地域に青海省 Qinghai Province が加わった。
24日24時の時点で,the Health and Health Commission は合計 1287 confirmed cases of pneumonia with new coronavirus infection in 29 provinces (autonomous regions and municipalities), including 237 severe cases and 41 deaths (39 cases in Hubei Province, [1 case in Hebei Province and 1 case in Heilongjiang]) の報告を受けている ... 海外での報告など。
地図 A good map of China showing the provinces  
[2] Wuhan City addresses Q & A re: available care
Reply of Wuhan Municipal Health and Health Committee on Several Issues Concerned by Citizens
 情報源 Wuhan Municipal Health Committee [in Chinese] 2020年1月24日
[3] 臨床症状
 情報源 The Lancet 2020年1月24日
原著タイトル Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet [Epub 24 Jan 2020]. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5
要約
背景: We report the epidemiological, clinical, laboratory, and radiological characteristics and treatment and clinical outcomes of these patients.
方法: 2019-nCoV が疑われた患者はすべて,武漢市の 1つの指定病院 a designated hospital in Wuhan に収容された。検査で確認された症例 patients with laboratory-confirmed 2019-nCoV infection by real-time RT-PCR and next-generation sequencing について,データを収集し解析した ...
結果: 2020年1月2日までに,41例の入院患者の 2019-nCoV infection が確定診断された。男性が 30人 ([73%] of 41); 半数以下に持病 underlying diseases (13 [32%]), 糖尿病 (8 [20%]), 高血圧症 (6 [15%]), 心血管疾患 (6 [15%]) があった。平均年齢は 49.0歳(IQR 41.0-58.0); 27人 (66%) of 41 patients に海鮮市場 Huanan seafood market との接触が認められた。1例の家族内小集積 One family cluster が確認されている。発症時に見られた主な症状として,発熱 (40 [98%] of 41 patients), 咳 (31 [76%]), 筋肉痛または全身倦怠 (18 [44%]) があった; less common symptoms として,喀痰 (11 [28%] of 39), 頭痛 (3 [8%] of 38), 血痰 (2 [5%] of 39), and 下痢 (1 [3%] of 38) があった。22人 (55%) of 40 patients が呼吸困難を併発した (発症から平均 8日後); 26人 (63%) of 41 patients にリンパ球数の減少が認められた。41例すべてで,胸部 CT 検査での異常影を伴う肺炎があった。合併症として,急性呼吸器促迫症候群 acute respiratory distress syndrome (12 [29%]), RNAaemia (ウイルス血症)* (6 [15%]), 急性心障害 acute cardiac injury (5 [12%]),二次感染 (4 [10%]) を発症した; 13人 (32%) が ICU に入院となり,6人 (15%) が死亡した。non-ICU patients と比較すると,ICU patients では,インターロイキン 2 IL2 [interleukin-2], 同 7 IL7 [interleukin-7], 同 10 IL10 [interleukin-10], 顆粒球コロニー刺激因子 GSCF [granulocyte colony-stimulating factor], IP10 [inducible protein], MCP1 [monocyte chemotactic protein-1], MIP1A [macrophage inflammatory protein], and TNFalpha [tumor necrosis factor] の,血漿中の値が高値 higher plasma levels を示した。
[Mod.MPP- As the authors conclude, the 2019-nCoV clinical picture includes clusters of severe respiratory illness that is very similar to the severe disease seen with SARS (severe acute respiratory syndrome). ... ]
[4] Novel coronavirus 2019
 情報源 New England Journal of Medicine (NEJM) 2020年1月24日
原著タイトル A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med [Epub 24 Jan 2020].
要約
2019年12月,原因不明の肺炎患者の集団発生 a cluster of patients with pneumonia of unknown cause があり,武漢市のシーフード卸売市場 a seafood wholesale market が関係していた。肺炎患者からの検体で,これまで知られていなかったコロナウイルス betacoronavirus が the use of unbiased sequencing により確認された。2019-nCoV と命名されたヒトの気道上皮細胞から分離された新型コロナウイルスは,another clade within the subgenus sarbecovirus, Orthocoronavirinae subfamily を形成した。both MERS-CoV and SARS-CoV のいずれとも異なり,2019-nCoV はヒトに感染する 7種類目のコロナウイルス the 7th member of the family of coronaviruses となった。
議論
武漢の入院患者で同定された a novel CoV (2019-nCoV) は,3人の患者の気管肺胞洗浄液 の,whole-genome sequencing, direct PCR, and culture のいずれの検査でも確認された。疾患はこのコロナウイルスが原因と考えられ ... 系統発生学的解析 Phylogenetic analysis では,2019-nCoV は,ヒト,コウモリ,他の野生動物の体内で確認されている coronaviruses (SARS-CoV, bat SARS-like CoV, and others) と同じ,the genus betacoronavirus に属することが明らかにされている ... 新しいウイルスの同定方法 ...
[5] 健康男性の死亡
 情報源 MSN News/The Washington Post 2020年1月24日
コロナウイルスの感染発生中心から遠く離れた場所に住む武漢市の若い健康男性が,アウトブレイクによる犠牲者となった。肺炎様ウイルスによる新たな 8名の死者の報告により,合計死者数は 26人となった ... これまで死亡患者の大多数は 60歳以上の高齢者であり,ほぼすべてが健康上の問題の有していた。全員が湖北省,とりわけ武漢市に集中していた。しかし,最新の発表によると,武漢市の 36歳男性が 23日に死亡し,男性には慢性疾患などの健康上の問題はなく,9日の入院時から抗ウイルス薬と抗生物質による治療を受けていた。武漢市から some 1500 miles 離れた,Suihua in Heilongjiang province, near the border with Russia でも死者が報告されている。
[6] New countries confirming imported cases -- オーストラリア,ネパール,フランス,マレーシア
 - オーストラリア ex China:Herald Sun 2020年1月25日
Victoria 州で 1例が報告;the person returned to Melbourne from Wuhan in China last week
 - フランス ex China:Rappler/Agence France-Presse 2020年1月24日
24日,欧州内では初めて Three cases of the coronavirus in France が確認。The 1st case in the southwestern city of Bordeaux while the other in Paris, A 3rd person, a close relative of one of the other 2 と保健相が発表。いずれも中国への渡航歴あり。
- ネパール ex China
 情報源 Straits Times 2020年1月24日
A Nepali student home from China tested positive for the new coronavirus
 - マレーシア ex China:Straits Times 2020年1月25日
25日保健相が,中国籍の 3人の the Wuhan coronavirus 感染が確認。a plane from Guangzhou to Singapore on [20 Jan 2020]. The 66-year-old man and his son tested positive for the virus and were admitted to hospital in Singapore on [22 Jan 2020].
[7] ベトナム, local person-to-person transmission - WHO
 情報源 WHO Situation Report 2020年1月24日
Summary
Situation update:
- Of these 11 confirmed cases, 10 had travel history to Wuhan;
- 1 confirmed case in Viet Nam had no travel history to any part of China but was a family member of a confirmed case who visited Wuhan. This suggests an instance of human-to-human transmission that occurred in Viet Nam.
[8] More cases in countries with prior importations:原文参照願います。
[9] Media headlines, social media and print:同上
関連項目
Novel coronavirus (16): China (HU), Viet Nam, Singapore ex China, IHR committee WHO 20200123.6910685

● エボラ コンゴ(民)
PRO/AH/EDR> Ebola update (04): Congo DR (NK,IT) cases, opinion
Archive Number: 20200125.6915714
[1] Case update
 - Fri 24 Jan 2020. CMRE (Comite Multisectoriel de la Riposte a la maladie a virus Ebola) [in French]
The epidemiological situation of the Ebola virus disease in the provinces of North Kivu and Ituri dated 23 Jan 2020:
 - Since the start of the epidemic, the cumulative number of cases is 3416, of which 3297 are confirmed and 119 probable. In total, there were 2240 deaths (2121 confirmed and 119 probable) and 1142 people healed;
 - No new confirmed cases;
[2] Opinion
 - Thu 16 Jan 2020. Project Syndicate
2019年12月に the US Food and Drug Administration が認可した the new Ebola vaccine Ervebo [rVSV-ZEBOV; Merck] だけに頼るわけにはいかない。1回の接種から 10日以内に免疫反応が現れる generate a quick immune response ...
関連項目
Ebola update (03): cases, summary, vaccination, violence 20200115.6891522

● MERS-CoV サウジアラビア
PRO/AH/EDR> MERS-CoV (04): Saudi Arabia (AS, RI, QS), nosocomial transmission susp, RFI
Archive Number: 20200125.6917085
 情報源 Saudi MOH 24-25 Jan 2020 2020年1月25日
the last update (20200124.6911579) 後の 2日間に,3 additional newly confirmed cases posted on the Saudi MOH website
Information on newly confirmed cases:
[1] Date of confirmation report: 22 Jan 2020
Case No. 20-1989
A 36-year-old female in Abha city, Aseer (Asir) region
Contact with camels: no
Case classification: secondary
Healthcare worker: yes
Current status: active
[2] Date of confirmation report: 24 Jan 2020
Case No. 20-1990
A 63-year-old female in Dhurma city, Riyadh region
Contact with camels: no
Case classification: primary
Healthcare worker: no
Current status: active
[3] Date of confirmation report: 25 Jan 2020
Case No. 20-1991
A 58-year-old female in Buraidah city, Qaseem [Al Qasim] region
Contact with camels: no
Case classification: primary
Healthcare worker: no
Current status: active

● マールブルグ病 シエラレオネ,コウモリ
PRO/AH/EDR> Marburg virus disease - Sierra Leone: bat
Archive Number: 20200125.6916732
 情報源 SciTechDaily 2020年1月24日
原著タイトル Isolation of Angola-like Marburg virus from Egyptian rousette bats from West Africa. Nat Commun. 2020; 11:510. https://doi.org/10.1038/s41467-020-14327-8
シエラレオネのコウモリ fruit bats で,マールブルグウイルス Marburg virus が確認され,西アフリカにおいて初めての致死性の同ウイルスの確認となった。合計 11頭の Egyptian rousette fruit bats が active Marburg virus infection 検査で陽性となった。コウモリは,複数の研究チームが 3 health districts 各地で捕獲した。

● タイレリア症,ウシ 米国 ダニ
PRO/AH/EDR> Theileria - USA: (WV) cattle, longhorned tick
Archive Number: 20200125.6916957
 情報源 WOAY-TV 2020年1月24日
ウエストバージニア州農業当局 The West Virginia Department of Agriculture (WVDA) が,3 West Virginia counties で the presence of _Theileria orientalis_ Ikeda genotype を確認した ...

● キャサヌール森林病 インド、サル・ダニ
PRO/AH/EDR> Kyasanur Forest disease - India (04): (KA) animal, ticks
Archive Number: 20200125.6916131
 情報源 Deccan Herald 2020年1月25日
Shantigrama in Koppa taluk in Chikkamagaluru district で採取された,死亡したサルの内臓の検査で,キャサヌール森林病 Kyasanur Forest disease (KFD) が確認された。10 different places in Koppa taluk, including Shantigramma, Heruru and Kunduru で捕獲されたダニのうち,Shantigrama のダニでも同ウイルス KFD virus が確認されている ...